Gryzonie trzonowcowe są dobrze przygotowane do mielenia pokarmu na drobne cząstki. Mięśnie żuchwy są silne. Podczas gryzienia szczęka dolna jest wciskana do przodu, a podczas gryzienia jest wciągana do tyłu. Grupy gryzoni różnią się układem mięśni żuchwy i związanych z nimi struktur czaszki, zarówno od innych ssaków, jak i między sobą.
Sciuromorfa, taka jak wschodnio-szara wiewiórka, ma duży, głęboki maseter, dzięki czemu jest skuteczna podczas gryzienia siekaczy. Myomorpha, takie jak szczur brązowy, powiększyły mięśnie temporalis, dzięki czemu mogą żuć potężnie trzonowcami. Hystricomorpha, takie jak świnia morska, ma większe powierzchowne mięśnie żwacza i mniejsze mięśnie głębokich żwaczy niż szczury lub wiewiórki, co może sprawić, że są one mniej skuteczne przy gryzieniu z siekaczami, ale ich powiększone wewnętrzne mięśnie pajęczynówki mogą pozwolić im poruszać szczękę na boki podczas żucia. O zwalczaniu gryzoni czy insektów na: Zwalczanie insektów, owadów i szkodników – ABC Insekt Białystok
Torebka z policzka jest specyficzną cechą morfologiczną stosowaną do przechowywania pokarmu i jest widoczna w szczególności w podgrupach gryzoni takich jak szczury kangurowe, chomiki, chipmunki i gofry, które mają dwie torby, które mogą się wahać od ust do przedniej części ramion.
Prawdziwe myszy i szczury nie zawierają tej struktury, ale ich policzki są elastyczne ze względu na wysoki stopień muskulatury i inercji w regionie.
Podczas gdy największy gatunek, kapibara, może ważyć nawet 66 kg (146 lb), większość gryzoni waży mniej niż 100 g (3,5 uncji). Najmniejszym gryzoniem jest baluchistańska pigmy jerboa, w której średnia długość głowy i ciała wynosi zaledwie 4,4 cm (1,7 cala), a dorosłe samice ważą zaledwie 3,75 g (0,132 uncji). Gryzonie mają szerokie morfologie, ale zazwyczaj mają ciała squatowe i krótkie kończyny.
Zwalczanie myszy a ich kończyny
Końce przednie mają zazwyczaj pięć paliczków, łącznie z kciukiem, podczas gdy kończyn tylnych trzy do pięciu cyfr. Łokieć daje ramiona czołowe dużą elastyczność. Większość gatunków jest roślinożerna, chodzącą po dłoniach i podeszwach stóp, z paznokciami podobnymi do paznokci.Taka budowa kończyny nie ułatwia zwalczania myszy, czy szczurów bo są zwinne i szybko biegają.
Paznokcie gatunków norników są zazwyczaj długie i mocne, podczas gdy gryzonie arborealistyczne mają krótsze, ostrzejsze paznokcie. Gatunki gryzoni posługują się różnymi metodami lokomocji, w tym czterokrotnie chodzenie, bieganie, płochanie i wspinaczka, dwojgaedalne skakanie (szczury kangurowe i myszy skakające), pływanie, a nawet ślizganie się. Skaliste wiewiórki i latające wiewiórki, choć nie są blisko ze sobą powiązane, mogą zarówno ślizgać się z drzewa na drzewo przy użyciu membran podobnych do spadochronów, które rozciągają się od przodu do tyłu kończyn tylnych.
Większość gryzoni ma ogony, które mogą mieć różne kształty i rozmiary. Niektóre ogony są prehensile, jak w euroazjatyckiej myszki do żniw, a futro na ogonach może się różnić od krzaczastego do całkowicie łysego. Ogon jest czasem używany do komunikacji, jak np. gdy bobry uderzają ogonami na powierzchni wody lub myszy domowe grzechotają ogonami, sygnalizując tym samym alarm. Niektóre gatunki mają szczątkowe ogony przedsionkowe lub w ogóle nie mają ogonów. W niektórych gatunkach ogon jest zdolny do regeneracji, jeśli część zostanie zerwana.